I Villaggi Ninja vennero creati quando un clan lasciò la propria città per costruire un Villaggio tra le montagne. Ogni paese, al cui comando c’è un Daimyo, può avere al suo interno un Villaggio Ninja che ne costituisce la forza militare stessa. Ogni Villaggio Ninja è governato da un Kage, che rappresenta lo Shinobi più forte. Ogni Paese provvede a sostenere il Villaggio, che in cambio fornisce i Ninja come forza militare. Nella Grande Guerra dei Ninja (Ninkai) tutti i Villaggi si sono affrontati impiegando tutte le loro forze per decidere chi fosse il più forte, perdendo in quella occasione anche molti Ninja. Da quella i Villaggi ne uscirono indeboliti.